Missionário da Companhia de Jesus, nasceu no Sardoal em 30 de Julho de 1710 e faleceu em 1781. Entrou duas vezes para a Companhia. Pertenceu, primeiro, à Província de Goa, na qual estudou Filosofia e ensinou Humanidades, nos Colégios de Goa e Baçaim. Da segunda vez, entrou em Évora a 2 de Maio de 1736 e no ano seguinte partiu para as Missões no norte do Brasil. No Maranhão estudou Teologia e no Pará professou solenemente em 1 de Novembro de 1751. Foi mestre de Humanidades e pregador, ministro dos Colégios do Pará e Vigia e Superior de Jaguarari.
Por ordem real fundou em 1752 a aldeia de S. Francisco Xavier, no Rio Solimões, fronteira com os domínios de Espanha, entre a aldeia de S. Pedro, da administração dos Padres Carmelitas e a boca oriental do Rio Javari. Deram-se os Carmelitas por agravados e recorreram ao Rei contra o que julgaram ser “uma violência e ambição da Companhia”. Mas o Secretário de Estado respondeu ao governador que o Rei era senhor de “dispor das terras dos seus domínios como melhor lhe parecesse” e que a queixa de ambição da Companhia “não tem sombra de verdade, como V. Exª sabe muito bem”. A jurisdição da nova aldeia ficava aos missionários conforme o Regimento das Missões. Mas esta disposição vinha derrogada, para este caso, nas instruções Régias Públicas e Secretas, Para Francisco Xavier de Mendonça Furtado, Capitão General do Pará e Maranhão, irmão do Marquês de Pombal, com a missão especial de combater os Jesuítas e os índios, o qual não informou os Jesuítas da sua jurisdição sobre a aldeia. Em fins de 1755 a aldeia de Javari, da qual procede a actual cidade de Tabatinga foi entregue ao mestre-de-campo Gabriel de Sousa Figueiras.
O Padre Manuel dos Santos foi um dos primeiros atingidos pela perseguição pombalina. Deportado para o Reino em 1757 e confinado na residência de S. João de Longos Vales (Monção). Foi em 1759 encarcerado nos Fortes de Almeida em 1762 em S. Julião da Barra. Recobrou a liberdade à morte de D. José, em 1777.
No Arquivo Geral da Companhia (Lus, 90, 80, v 82) guardam-se duas cartas suas de 20 de Outubro de 1753 e 28 de Junho de 1754, dirigidas ao Padre Geral e outras duas na Biblioteca Nacional de Lisboa (Col. Pombalina, cod. 628, 58-66) endereçadas ao Governador do Pará, em 20 de Junho e 2 de Julho de 1755.